Структура ИМОМИ включает 11 кафедр, которые ведут активную учебно-методическую, научно-исследовательскую и научно-организационную работу:

Кафедра обеспечивает целенаправленную комплексную лингвистическую подготовку по иностранным языкам студентов, обучающихся по направлениям бакалавриата «Международные отношения», «Зарубежное регионоведение» и магистратуры «Зарубежное регионоведение» (магистерская программа «Исследования регионов и стран Азии и Африки»).

Кафедра регионоведения была создана в 2001 г., в 2010 г. переименована в кафедру зарубежного регионоведения. В связи с образованием ИМОМИ подразделение стало называться кафедрой зарубежного регионоведения и локальной истории.

Кафедра иностранных языков и лингвокультурологии образована в 2005 году.

Кафедра информационных технологий в гуманитарных исследованиях была создана в рамках ИМОМИ в 2014 г.

Кафедра истории Древнего мира и Средних веков (с 2014 г. по 2020 г.  - кафедра истории Древнего мира и классических языков), созданная в 1975 г., является одним из старейших подразделений ИМОМИ (историко-филологического, а позднее исторического факультета университета).

В рамках бакалавриата и магистратуры она обеспечивает преподавание базовых исторических курсов для студентов направлений "История", "Регионоведение", "Международные отношения", "Реклама и связи с общественностью", "Культурология", а также древних классических языков (латыни и древнегреческого) и целого ряда других дисциплин и специальных курсов, посвященных актуальным проблемам классической археологии, политической, военной и культурной истории античности и Средневековья.

Кафедра истории и политики России была создана в рамках ИМОМИ ННГУ  в феврале 2014 г. и является преемницей  кафедры современной отечественной истории, существовавшей с 1992 по 2014 год.

Кафедра истории и теории международных отношений была создана в ИМОМИ в феврале 2014 года на базе существовавшей с 1997 года кафедры международных отношений – первой кафедры в Нижегородском государственном университете, специализирующейся на подготовке студентов-международников.

Кафедра мировой политики и международного права была учреждена приказом ректора ННГУ имени Н.И. Лобачевского в 2004 г. В 2014 г. она переименована в связи с созданием в структуре ННГУ Института международных отношений и мировой истории (ИМОМИ) и получила название кафедры мировой дипломатии и международного права.

Кафедра Новой и Новейшей истории была воссоздана в декабре 2013 г. С опорой на традиции изучения исторической новистики в Нижегородском университете она объединила преподавателей и исследователей, изучающих всеобщую и отечественную историю нескольких последних столетий.

Кафедра социально-политических коммуникаций – одно из наиболее молодых подразделений Института международных отношений и мировой истории. Созданная в 2020 году на базе кафедры теории политики и коммуникации, кафедра социально-политических коммуникаций аккумулировала в себе научно-преподавательский потенциал ИМОМИ, направленный на планомерное обучение и развитие специалистов в области рекламы и связей с общественностью, коммуникативистики, продюсирования, журналистики.