Структура ИМОМИ включает 12 кафедр, которые ведут активную учебно-методическую, научно-исследовательскую и научно-организационную работу:

Кафедра обеспечивает целенаправленную комплексную лингвистическую подготовку по иностранным языкам студентов, обучающихся по направлениям бакалавриата «Международные отношения», «Зарубежное регионоведение» и магистратуры «Зарубежное регионоведение» (магистерская программа «Исследования регионов и стран Азии и Африки»).

Кафедра регионоведения была создана в 2001 г., в 2010 г. переименована в кафедру зарубежного регионоведения. В связи с образованием ИМОМИ подразделение стало называться кафедрой зарубежного регионоведения и локальной истории.

Кафедра иностранных языков и лингвокультурологии образована в 2005 году.

Кафедра информационных технологий в гуманитарных исследованиях была создана в рамках ИМОМИ в 2014 г.

Кафедра истории древнего мира и классических языков (до 2014 г. – кафедра истории древнего мира и Средних веков), созданная в 1975 г., является одним из старейших подразделений ИМОМИ (историко-филологического, а позднее исторического факультета университета).

В рамках бакалавриата и магистратуры она обеспечивает преподавание базовых исторических курсов для студентов направлений "История", "Регионоведение", "Международные отношения", "Реклама и связи с общественностью", а также древних классических языков (латыни и древнегреческого) и целого ряда других дисциплин и специальных курсов, посвященных актуальным проблемам классической археологии, политической, военной и культурной истории античного мира.

Кафедра истории и политики России была создана в рамках ИМОМИ ННГУ  в феврале 2014 г. и является преемницей  кафедры современной отечественной истории, существовавшей с 1992 по 2014 год.

Кафедра истории и теории международных отношений была создана в ИМОМИ в феврале 2014 года на базе существовавшей с 1997 года кафедры международных отношений – первой кафедры в Нижегородском государственном университете, специализирующейся на подготовке студентов-международников.

Кафедра мировой политики и международного права была учреждена приказом ректора ННГУ имени Н.И. Лобачевского в 2004 г. В 2014 г. она переименована в связи с созданием в структуре ННГУ Института международных отношений и мировой истории (ИМОМИ) и получила название кафедры мировой дипломатии и международного права.

Кафедра Новой и Новейшей истории была воссоздана в декабре 2013 г. С опорой на традиции изучения исторической новистики в Нижегородском университете она объединила преподавателей и исследователей, изучающих всеобщую и отечественную историю нескольких последних столетий.

И.о. заведующего кафедрой: Старкин Сергей Валерьевич

В 2013 году с целью создания укрупненных и эффективно функционирующих подразделений университета, обеспечивающих в современных условиях соединение высокой организации учебного процесса с передовыми научными разработками,  путем реорганизации исторического факультета и факультета международных отношений был создан Институт международных отношений и мировой истории (ИМОМИ).  В 2014 году была создана кафедра теории политики и коммуникации, с 2020 года - кафедра социально-политических коммуникаций.